正応２年の春、永平寺での住職後継にからむ内紛を避けようとの、義介禅師に従い加賀の国《大乗寺》（金沢市長坂町）に移られます。大師２２歳のある日『法華経』を看読中「法師功徳品」の「父母所生眼、悉見三千界」（父母所生の眼をもって、悉く三千界を見る）の句で仏法の核心にふれられたと伝えられます。意味するところは、父母が生んでくれた仏眼をもって、この世界のすべてのものを悉く真実の相として達観するということであります。けれども義介禅師はその禅の境界はなお不十分とたしなめられます。大師はさらに修行に励まれるのです。
　かくして数年を経た永仁２年秋、２７才の時、義介禅師の上堂語の「平常心是道」（びょうじょうしんぜどう）の説法を聴き、「道」の本義を了畢されるのです。
　瑩山さまはさっそく義介禅師の室に赴かれ「我れ会せり」（仏法がわかった）と申された。師匠は「汝如何が会すと（どのようにわかったのか）」問われると、瑩山禅師は「黒漆（こくしつ）の菎崙（こんろん）、夜裏に走る」と。黒光りする真っ黒いものが真っ暗闇の中を走るようなもので分別無しの絶対の境地であると呈せられましたが、師匠はまだこれを許さずに「未在、更にいえ」（別の言葉で更に申してみよ）と迫られるのです。分別無しの絶対の境地とは大虚の如く、どこまでも澄み渡っていることです。この境地を具体的に更に言ってみなさいと問われます。すると瑩山禅師は「茶に逢うては茶を喫し、飯に逢うては飯を喫す」と答えられました。すると徹通義介禅師から「爾、超師の機あり、よろしく永平の宗旨を興すべし」と言って印可を与えられ、仏の大法を相続されるのです。


　２８才阿波国（徳島）の郡司に請せられて城満寺に晋住されます。また、九州肥後（熊本県）川尻の大慈寺寒巌義尹（かんがんぎいん）禅師を訪ねられ道情を温められます。寒巌義尹禅師は順徳天皇の第三皇子で、道元禅師に参じられ孤雲禅師の法を継がれた禅師さまです。
　正安元年（1299）義介禅師の願いもあり加賀に戻られます。３２才のとき義介禅師に嗣法し、法衣を伝授され、大乗寺最初の首座となります。正安２（1300）年正月から義介禅師に代って、釈尊以後５２列祖の機縁の語話を提唱されました。これが、今日に伝えられる『伝光録』です。正安４年(1302)瑩山禅師３５歳、義介禅師は自ら退鼓をうち、禅師に大乗第二世の席を譲られるのです。会下に、明峰素哲（めいほうそてつ）、無涯智洪（むがいちこう）、峨山紹碩（がさんじょうせき）等が参集し、ここに大乗寺は一躍天下の大叢林となりました。


　禅師の深い思想をあらわされた『信心銘拈提』は大乗寺開会中の垂示です。そして応長元年まで大乗寺などを中心に規矩の充実、接化につとめられ、『坐禅用心記』『三根坐禅説』などを著わされます。その間加賀（金沢市長土塀）浄住寺を開かれます。浄住寺は禅師の父の菩提をとむらうため創建されたもので、禅師入山前は母が仏事供養を行じられていた寺であります。
　正和元年（1312）信濃の海野三郎滋野信直夫妻、能登中河の地頭酒匂頼基あるいは大乗寺の檀越加賀の藤原家方などが、能登国酒井保の山地および建造物の寄進の縁によりて、大乗寺を明峰素哲に、浄住寺を無涯智洪にゆずって当地に赴き、正和２年（石川県羽咋市）《洞谷山永光寺》（とうこくさんようこうじ）を開創するに至ります。永光寺の命名由来として、禅師は「予は洞山高祖１６世の法孫なり。故に彼の家風を慕う。山名を洞谷となし、山を改めて谷となすは、曹渓を転じて曹山となすが如し」、また「大陽高祖（大陽警玄）１１代の法孫なり。故に大陽の盈目を慕い永光寺と号す」と「洞谷記」に記される如く、大いに宗風を宣揚されたのであります。このようにして永光寺は漸次隆昌し、遂に「諸人善根の山、一切功徳の林」といわれるようになりました。　
　正和３年光孝寺を開かれたころには、瑩山禅師の名声はつとに高まりました。元応２（1320）年、後醍醐天皇は各宗の高僧碩徳に対し、仏教について諸種の疑滞を下問された。瑩山禅師の道風頗る明晰、深く御意にかない、勅して紫衣を賜わります。翌元亨元（1321）年、永光寺を以て、曹洞宗の出世道場に補し、且つ勅願所と定められたという。翌年檀那金吾朝定の寄進により仏殿が建立され、元亨三年開山堂、元亨四年法堂と、永光寺の伽藍が整いました。

　瑩山禅師５４歳の頃、総持寺開堂の端夢を感じられ、能登鳳気志郡櫛比庄、行基菩薩が建立された真言律宗諸嶽寺（しょがくじ）の院主定賢律師（じょうけんりっし）の招請によって当地に赴き、律院を改めて諸岳山総持寺（しょがくさんそうじじ）と名付けられました。
　禅師の評判は高まり、元亨元年（1321）後醍醐天皇の十種勅問（ちょくもん）に丁寧に答えられ、これにより《総持寺》の勅額を賜り、翌元亨２年８月２８日、日本曹洞紫賜出世道場の論旨を受け、ここに永平寺とともに、総持寺を本寺とする曹洞宗が公称されるようになったのです。禅師の道誉益々朝野に普ねく、四方皆その徳風を仰ぐことになるのであります。
　その後、長谷部一族の庇護なども加わり、元亨４（1325）年、僧堂が開単され伽藍の規矩がほぼ整います。そして禅師自ら「総持寺十箇条亀鑑」を制定し、永く法孫の遵守すべき洪範とされたのであります。総持寺が基本道場としてなしえた同年７月には法席を峨山紹碩に譲って退院し明峰素哲を伴って永光寺に帰山されるのです。

　永光寺における晩年は、伽藍を整備するとともに、『能州洞谷山永光禅寺行事之次序』を撰述されます。これが後に、「洞谷清規」といい、また一般には「瑩山清規」といわれるものです。一方「洞谷山勤行條文」および『洞谷山尽未来際置文』などを著述し、禅院の日課及び運営にも細い配慮を示されました。
　既に仏殿も建立され禅院としての規模もととのえられていましたが、禅師は更に法の象徴としての根本道場たる伝燈院を建立されるのです。則ち、元亨３年（1323）４月に永光寺の奥に「伝燈院五老峰」の地を選び堂宇を建てられました。《五老峰》とは、天童如浄禅師、永平道元禅師、孤雲懐奘禅師、徹通義介禅師、そして瑩山紹瑾禅師の祖師堂のことです。ここに、如浄禅師の語録、道元禅師の霊骨、懐奘禅師の血経、義介禅師と瑩山紹瑾禅師自身の嗣書（ししょ　仏法を受け継いだ証明書）を安置されたのであります。
　そしてこの年、九年前に亡くなった母懐観大師の為に円通院も建立されます。本尊は母堂懐観大師の念持仏であった十一面観世音菩薩でありました。「円通」とは観音菩薩のさとりのことであります。宗門寺院では参禅が第一義には違いありませんが、在家化導には観音信仰などの信仰を併用することによって信徒の宗教安心と寺門の護持を計られた点もあろうかと思いますし、観音信仰が参禅と比して次元の低いものというものではなく、道元禅師・瑩山禅師の両祖は禅の第一義に基づいた観音観を示されておられるのであります。瑩山禅師はこれらの規矩を以て門弟の育成、曹洞禅の民衆化、在家の教化などを続けられたのです

　総持寺の伽藍造営が進んだ正中元年（1324年）、総持寺住職をもう一人の高弟峨山韶碵に譲り、永光寺に移られます。翌年（1325）年八月初旬、病をかんじられた禅師は明峰素哲に御住を託し、同月８日永光寺を明峰素哲に譲り晋山上堂せしめられるのです。そして９月２８日、釈尊の、また道元禅師の入滅にならって、諸弟子を集めて最後の教誨を示されるのです。同月２９日、己の刻に垂（なんな）んとして、俄かに鐘を鳴らし、大衆を方丈の妙荘厳院に集めて、示衆し、次で「自ら耕し、自ら作る閑円地。幾度か売り来り、買い去って新たなり。限りなき霊苗種熟脱、法堂鋤を挿む人を見る」と遣偈し、大いなる生涯の幕を閉じられたのであります。時に世寿５８歳でありました。遺骨は永光寺の他、大乗寺、浄住寺、総持寺の三箇寺に分配されました。その得法の門人は明峰素哲、無涯智洪、峨山紹碩、壷庵至簡、孤峯覚明、珍山源照等伝戒の弟子は数多おられます。
　又、尼弟子は黙譜祖忍、忍戒、金灯恵球、明照等があげられます。御村上天皇は仏慈禅師の号を賜い、後桃園天皇は「弘徳円明国師」の号を送られ、明治天皇は「常済大師」の号を追認されました。

　
　わが曹洞宗が今日のように大ならしめたことは、高祖大師の人格改潔にして、深く道根を養われ、立教開宗の基礎を固め、一個半箇を接し、又大宗門の根底となるべき宗乗を述べ、大著述を残されたことと共に、太祖大師はこれを時勢と調和させながら、その教えを全国に広められたためであります。高祖道元禅師を威厳高き父とし、太祖瑩山禅師を慈悲深き母として、また宗旨の祖として日本曹洞宗が成立するのであります。